ДНК-фрагменты раскрыли две вымершие линии галапагосских черепах
Исследователи из Йельского университета использовали новый вычислительный набор для анализа плохо сохранившейся ДНК музейных образцов гигантских черепах с Галапагосов. В некоторых случаях удалось прочитать менее 1% генома, что позволило обнаружить следы двух исчезнувших островных линий. Статья опубликована в журнале Proceedings of the Royal Society B и обсуждена на SciTechDaily. Об этом сообщает портал ProGorodNSK.ru.
Древняя ДНК распадается на множество фрагментов, что затрудняет восстановление родственных связей. Ученые объединили несколько инструментов, предназначенных для работы с поврежденным генетическим материалом, что дало возможность использовать данные, которые обычно считались бы непригодными для стандартного геномного анализа.
Материалом для исследования послужили высушенные кости из музейных коллекций. Пять образцов принадлежали двум вымершим линиям, и их фрагменты были сопоставлены с эталонным филогенетическим деревом, построенным на основе качественных геномов современных животных и других исторических образцов.
Таким образом, удалось установить, что часть образцов относится к вымершим линиям с островов Сан-Кристобаль и Санта-Фе. Руководитель исследования Александр Очоа отметил, что главной трудностью было восстановление генетических связей при значительном разрушении ДНК и загрязнении музейного материала. Проект проводился в лаборатории Адальгисы Какконе, занимающейся изучением генетического разнообразия галапагосских гигантских черепах. Работу поддержали Galapagos Conservancy, Turtle Taxonomy Fund, Natural Environment Research Council, Re:wild, Йельский центр биосферных исследований и Университет Ньюкасла.
Очоа также отметил, что генетические следы исчезнувших популяций могут сохраняться у современных гибридных черепах. В прошлом моряки перевозили животных между островами и использовали их в качестве продовольствия. Некоторые перемещенные особи выжили и оставили потомство с черепахами других островов, что делает разведение в неволе потенциальным способом восстановления геномов вымерших линий. Авторы полагают, что вычислительные инструменты могут быть полезны и для более широких задач охраны дикой природы.
