Обнаружены сотни вариаций 3D-структуры генома, связанных с болезнью Крона
Генетики установили, что изменения в более чем 250 генах влияют на трехмерную структуру генома клеток врожденной иммунной системы, способствуя развитию болезни Крона и других воспалительных заболеваний кишечника. Об этом сообщается пресс-службой Фламандского института биотехнологий (VIB). Данную информацию сообщает портал ТАСС.
Профессор VIB Валерия Малышева отметила, что одно из значимых открытий связано с геном CLN3, ранее ассоциированным с болезнью Баттена, смертельным нейродегенеративным заболеванием. Исследования показали, что мутации в этом гене также увеличивают предрасположенность иммунных клеток к воспалениям.
Ученые сделали это открытие, изучая трехмерную структуру генома ILC3-лимфоцитов, подтипа клеток врожденной иммунной системы, регулирующих функции кишечника и его иммунитет. Эти клетки давно предполагаются как ключевые в развитии болезни Крона и язвенного колита, однако механизмы их воздействия остаются неясными.
Недостаток информации объясняется тем, что многие известные мутации находятся не в кодирующих участках генов, а в соседних областях ДНК, влияющих на считываемость. Для выяснения природы и поиска новых вариаций, связанных с болезнью Крона, ученые из Европы, США и Японии исследовали, как мутации влияют на трехмерную форму генома ILC3-лимфоцитов и активность генов.
Для этого они собрали сотни тысяч иммунных клеток от трех доноров, добавили специальные метки в ДНК для реконструкции трехмерной формы генома и изучили его "упаковку" в ядрах лимфоцитов. На основе модели исследователи проанализировали, как различные мутации, ранее связывавшиеся с повышенным риском болезни Крона, влияют на активность генов.
В итоге они выявили несколько сотен мелких изменений в структуре ДНК, которые значительно изменяли активность около 250 генов в ILC3-лимфоцитах, увеличивая их предрасположенность к воспалениям. В дополнение к гену CLN3, в их число вошли гены, такие как HMGA1 и IKZF1, что делает их перспективными целями для разработки новых лекарств от болезни Крона и других воспалительных заболеваний кишечника.
